Люди в черном два продолжает рассказ о приключениях 2-ух элитных полицейских — агента Кея и агента Джея посреди пришельцев. Со времени их прошлых похождений прошло 4-е года. Все эти годы агент Кей вел размеренный стиль жизни, в то время как агент Джей продолжал бесстрашно трудиться в рядах самой тайной организации в мире. Расследуя самое обыденное дело, агент Джей натыкается на следы дьявольски изощренного заговора, задуманного Серлиной, зловещим чудовищем, живущем на Земле в виде сексуальнейшей модели. Когда действия принимают угрожающий оборот, агенту Джею приходится обратиться за помощью к собственному бывшему напарнику, который мирно трудится в Почтовом Департаменте. За короткое время агенту Джею нужно уверить агента Кея посодействовать ему — ведь лишь он может посодействовать спасти Землю от порабощения и ликвидирования.

Кей и Джей - агенты совершенно секретного правительственного ведомства, осуществляющего надзор за обосновавшимися на Земле существами из иных миров. Они - это последний и единственный рубеж обороны Земли от отбросов Вселенной. Их работа секретна, их оружие совершенно, им нет равных, они не оставляют следов. Они - это "Люди в черном".

Действие фильма происходит в одном из самых романтичных мегаполисов мира — Нью-Йорке. Три друга Артем, Игорь и Оле, настоящий «русский» финн, в народе «Сауна» работают на чужбине, а в свободное от работы время отрываются, «как взрослые»: ходят в сауну, в стриптиз-бары, крутят короткие и ни к чему не обязывающие романы. Секс для них давно превратился в забег на короткие дистанции, соблазненные женщины — в трофеи, а триумфальные победы — главная тема обсуждения во время каждого мальчишника…
Но однажды случай вмешивается в их устоявшуюся, беспечную, разгильдяйскую жизнь… На очередной вечеринке в одном из клубов человек странного вида поднимает бокал и произносит тост. Пройдет совсем немного времени, и все трое обнаружат пренеприятнейшую перемену — они больше не могут заниматься сексом.
Как вернуть мужскую силу? Корень женьшеня? Виагра? Тайский массаж? Консультации сексопатолога? Ничто не спасает. За что? Почему? И почему так рано? И почему именно мы? С этими вопросами наши герои в отчаянии бегают по специалистам…
В конце концов, они находят того самого человека с вечеринки, и выясняют, что тот, применив свои мистические способности, «закодировал» их от беспорядочных связей. Их спасет только одно средство. Любовь. И секс будет. Но только с любимой женщиной. Осталось дело за малым — найти ее…

Привычный ход вещей нарушен! Цирковая собака Белка больше не выйдет на манеж покорять сердца зрителей, а дворняжка Стрелка не будет ночевать в подворотнях и искать себе пропитание. Теперь они не просто собаки, а члены отряда космонавтов. И лишь самые достойные, самые выносливые отправятся покорять космическое пространство.