Люди в черном два продолжает рассказ о приключениях 2-ух элитных полицейских — агента Кея и агента Джея посреди пришельцев. Со времени их прошлых похождений прошло 4-е года. Все эти годы агент Кей вел размеренный стиль жизни, в то время как агент Джей продолжал бесстрашно трудиться в рядах самой тайной организации в мире. Расследуя самое обыденное дело, агент Джей натыкается на следы дьявольски изощренного заговора, задуманного Серлиной, зловещим чудовищем, живущем на Земле в виде сексуальнейшей модели. Когда действия принимают угрожающий оборот, агенту Джею приходится обратиться за помощью к собственному бывшему напарнику, который мирно трудится в Почтовом Департаменте. За короткое время агенту Джею нужно уверить агента Кея посодействовать ему — ведь лишь он может посодействовать спасти Землю от порабощения и ликвидирования.

Кей и Джей - агенты совершенно секретного правительственного ведомства, осуществляющего надзор за обосновавшимися на Земле существами из иных миров. Они - это последний и единственный рубеж обороны Земли от отбросов Вселенной. Их работа секретна, их оружие совершенно, им нет равных, они не оставляют следов. Они - это "Люди в черном".